Колчак, будучи командувачем Чорноморського флоту, спочатку привітав лютневу революцію і навіть у березні наказав провести парад і молебень з нагоди перемоги революції. Однак під впливом більшовицької агітації на флоті запанувала анархія і безладдя. Колчак заявив про відставку.
Перебуваючи в Китаї, Колчак дізнався про намір більшовиків укласти мир з Німеччиною. Він спробував сформувати об’єднані збройні сили для боротьби з «німецько-більшовиками», але отримав відмову від японців. Після початку Громадянської війни вирішив долучитися до Добровольчої армії. Повертаючись до Росії через Сибір восени 1918, зупинився в Омську, де розташувалося Тимчасовий всеросійський уряд — Директорія. Після військового перевороту був проголошений організаторами Директорії Верховним правителем Росії.
Він звернувся до населення із закликом: «Головною своєю метою ставлю створення боєздатної армії, перемогу над більшовизмом і встановлення законності та правопорядку, щоб народ міг безперешкодно обрати собі форму правління, яку він забажає, і здійснити великі ідеї свободи, проголошені нині по всьому світу. Закликаю вас, громадяни, до єднання, до боротьби з більшовизмом, до праці і жертв».
Владу Колчака визнали керівники основних формувань білих і в інших районах Росії. У руках Колчака опинився золотий запас Росії, він отримав військово-технічну допомогу від США і країн Антанти. Йому вдалося створити до весни 1919 армію загальною чисельністю до 400 тисяч чоловік.
Завданням Колчака було усунути від влади більшовиків, які захопили її незаконним шляхом. Він вважав за необхідне зберегти військовий режим до перемоги над більшовиками. Потім провести демократичні вибори з дотриманням всіх процедур в Установчі збори. Законна влада в особі Установчих зборів повинна була визначити державний устрій Росії і провести необхідні реформи.
Колчак діяв у рамках моральних принципів, намагався зробити так, щоб слова не розходилися зі справами, і порожніх обіцянок не давав. Більшовики ж виступали з демагогічними гаслами, привабливими для натовпу: заберемо землю у поміщиків, 8-годинний робочий день, мир народам, фабрики — робітникам, земля — селянам. Такими гаслами вони обдурили народ і залучили їх на свій бік.
Колчак допустив безліч стратегічних і тактичних помилок. Він був політично наївний. Погано знався на проблемах державного управління. Колчаку була властива академічна сухість, відлюдність, запальність. Однак він був абсолютно безкорисливим, не зловживав своєю владою. Сім’я Колчака бідувала у Франції, Софія Амірова, його дружина, жила на кошти, які отримувала від продажу його орденів.
Успіхи армії Олександра Колчака змінилися великими невдачами, і в ході Омської операції армія Колчака була остаточно розгромлена. Розпустивши 5 січня свою охорону, Колчак перейшов у поїзд Антанти. Командування Чехословацького корпусу заарештувало та видало адмірала. Більшовики за наказом Леніна розстріляли Колчака 7 лютого 1920 в Іркутську. Тіло було скинуто в річку Ушаковка.
Іван Бунін сказав у пам’ять про Олександра Колчака: «Настане день, коли діти наші, подумки споглядаючи ганьбу і жах наших днів, багато що пробачать Росії за те, що все ж таки не один Каїн панував у темряві цих днів, але й Авель був серед синів її Настане час, коли золотими письменами на вічну славу і пам’ять буде написано Його ім’я в Літопису Руської землі».
