Колчак, будучи командующим Черноморским флотом, поначалу приветствовал февральскую революцию и даже в марте приказал провести парад и молебен по случаю победы революции. Однако под влиянием большевистской агитации на флоте воцарилась анархия и беспорядки. Колчак заявил об отставке.
Находясь в Китае, Колчак узнал о намерении большевиков заключить мир с Германией. Он попытался сформировать объединенные вооруженные силы для борьбы с «германо-большевиками», но получил отказ от японцев. После начала Гражданской войны решил примкнуть к Добровольческой армии. Возвращаясь в Россию через Сибирь осенью 1918, остановился в Омске, где обосновалось Временное всероссийское правительство — Директория. После военного переворота был провозглашен организаторами Директории Верховным правителем России.
Он обратился к населению с воззванием: «Главной своей целью ставлю создание боеспособной армии, победу над большевизмом и установление законности и правопорядка, дабы народ мог беспрепятственно избрать себе образ правления, который он пожелает, и осуществить великие идеи свободы, ныне провозглашенные по всему миру. Призываю вас, граждане, к единению, к борьбе с большевизмом, к труду и жертвам».
Власть Колчака признали руководители основных формирований белых и в других районах России. В руках Колчака оказался золотой запас России, он получил военно-техническую помощь от США и стран Антанты. Ему удалось создать к весне 1919 года армию общей численностью до 400 тысяч человек.
Задачей Колчака было отстранить от власти большевиков, которые захватили ее незаконным путем. Он считал необходимым сохранить военный режим до победы над большевиками. Затем провести демократические выборы с соблюдением всех процедур в Учредительное собрание. Законная власть в лице Учредительного собрания должна была определить государственное устройство России и провести необходимые реформы.
Колчак действовал в рамках нравственных принципов, пытался сделать так, чтобы слова с делами не расходились, и пустых обещаний не давал. Большевики же выступали с демагогическими лозунгами, привлекательными для толпы: отберем землю у помещиков, 8-часовой рабочий день, мир народам, фабрики — рабочим, земля — крестьянам. Такими лозунгами они обманули народ и привлекли их на свою сторону.
Колчак допустил множество стратегических и тактических ошибок. Он был политически наивен. Плохо разбирался в проблемах государственного управления. Колчаку была свойственна академическая сухость, нелюдимость, вспыльчивость. Однако он был абсолютно бескорыстен, не злоупотреблял своей властью. Семья Колчака бедствовала во Франции, Софья Амирова, его жена, жила на средства, которые выручала от продажи его орденов.
Успехи армии Александра Колчака сменились крупными неудачами, и в ходе Омской операции армия Колчака была окончательно разгромлена. Распустив 5 января свою охрану, Колчак перешел в поезд Антанты. Командование Чехословацкого корпуса арестовало и выдало адмирала. Большевики по приказу Ленина расстреляли Колчака 7 февраля 1920 г. в Иркутске. Тело было сброшено в реку Ушаковка.
Иван Бунин сказал в память об Александре Колчаке: «Настанет день, когда дети наши, мысленно созерцая позор и ужас наших дней, многое простят России за то, что всё же не один Каин владычествовал во мраке этих дней, но и Авель был среди сынов её. Настанет время, когда золотыми письменами на вечную славу и память будет начертано Его имя в Летописи Русской земли».
